Stranie asemănare
cu virusul HIV. Este improbabil ca
noul virus să fi apărut pe cale naturală – susține studiul de mai jos. Traducere integrală
După
un studiu care susține că n-a fost creat în laborator, iată altul care
sugerează contrariul:
„Această asemănare
nefirească [uncanny]
a noilor inserții din proteina spike a virusului 2019-nCoV cu HIV-1 gp120 și Gag este
improbabil să fie întâmplătoare.
Mai mult, modelarea 3D sugerează că cel puțin 3 inserții din glicoproteina spike a 2019-nCoV converg spre a constitui componente-cheie ale sitului legării de receptor.
De observat, toate cele 4 inserții au valori pI care ar putea facilita interacțiunile virus-gazdă. Luate laolaltă, constatările
noastre sugerează o evoluție neconvențională a lui 2019-nCoV.”
Pre-print bioRxiv, postat online pe 31 ian. 2020;
doi: http://dx.doi.org/10.1101/2020.01.30.927871. Deținătorul drepturilor de autor pentru acest preprint, care nu a fost revizuit
de cercetători omologi (peer-reviewed),
este autorul/finanțatorul care a acordat bioRxiv
licență să ofere preprint-ul în perpetuitate. El este disponibil pe baza unei
licențe internaționale CC-BY-NC-ND 4.0
O asemănare nefirească [uncanny]
a unor
inserturi unice
în proteina spike a virusului 2019-nCoV
cu HIV-1 gp120 și Gag
Autori: Prashant Pradhan$1,2, Ashutosh
Kumar Pandey$1, Akhilesh Mishra$1, Parul Gupta1, Praveen Kumar Tripathi1, Manoj
Balakrishnan Menon1, James Gomes1, Perumal Vivekanandan*1, Bishwajit Kundu*1
1 Kusuma School of Biological Sciences, Indian
Institute of Technology, New Delhi-110016, India
2 Acharya Narendra Dev College, University of
Delhi, New Delhi-110019, India
$ Contribuții egale
Traducere în limba română de Andrei Dîrlău
Abstract:
Asistăm în prezent la o epidemie majoră cauzată
de noul coronavirus 2019-nCoV. Evoluția lui 2019-nCoV rămâne greu de stabilit.
Noi am găsit 4 inserții în glicoproteina spike
(S) care sunt unice virusului 2019-nCoV și nu sunt prezente în alți
coronaviruși. Este important că reziduurile de aminoacizi din toate cele 4
inserții prezintă o identitate sau similaritate cu cele din HIV-1 gp120 sau
HIV-1 Gag. Interesant este că, în ciuda faptului că inserțiile sunt discontinue
pe secvența primară de aminoacid, modelarea 3D a lui 2019-nCoV
sugerează că ele converg pentru a constitui situl legării de receptor. Este improbabil ca găsirea a 4 inserții
unice în 2019-nCoV, toate prezentând identitate / similaritate cu reziduurile
aminoacizi din proteinele structurale-cheie ale virusului HIV-1, să fie de natură
accidentală [fortuitous] [s.n.]. Prezentul
studiu oferă o abordare încă necunoscută a lui 2019-nCoV și aruncă lumină
asupra evoluției și patogenității acestui virus, cu implicații importante în diagnosticarea
lui.
Introducere
Coronavirușii (CoV) sunt viruși cu ARN de lanț unic sens
pozitiv, care infectează animale și oameni. Ei se clasifică în 4
genuri pe baza specificității gazdei lor: Alfa-coronaviruși, Beta-coronaviruși, Gamma-coronaviruși
și Delta-coronaviruși (Snijder et al., 2006). Există șapte tipuri
cunoscute de CoV care includ 229E și NL63 (Genul Alfa-coronavirus), OC43, HKU1,
MERS și SARS (Genul Beta-coronavirus). Dacă 229E, NL63, OC43 și HKU1 infectează
de obicei oameni, epidemiile SARS și MERS au izbucnit în 2002 și respectiv 2012 când virusul a făcut saltul de la
animale la oameni cauzând o mortalitate semnificativă (J. Chan et al., f.d.; J.
F. W. Chan et al., 2015). În decembrie 2019 s-a raportat o altă epidemie de
coronavirus în Wuhan, China, care de asemenea s-a transmis de la animale la oameni.
Acest nou virus a primit de la OMS numele provizoriu de 2019-noul Coronavirus
(2019-nCoV) (J. F.-W. Chan et al., 2020; Zhu et al., 2020). Există mai multe ipoteze
despre originea lui 2019-nCoV, dar sursa acestei epidemii rămâne încă
necunoscută.
Tiparul transmiterii lui 2019-nCoV este
asemănător cu tiparele de transmitere documentate pentru epidemii anterioare,
inclusiv prin contact corporal sau cu aerosoli de la persoanele infectate cu
virusul.
S-au raportat din Wuhan cazuri,
cauzate de infecție, de îmbolnăvire de la ușoară la severă și decese. Această
epidemie s-a răspândit rapid în țări îndepărtate de China, precum Franța,
Australia, SUA etc. Numărul de cazuri crește abrupt. Actualele noastre
cunoștințe se limitează la secvențe din genomul virusului și date
epidemiologice și clinice modeste. Analize comprehensive ale secvențelor
disponibile de 2019-nCoV ar putea furniza indicii importante care să ajute la progrese
în actuala noastră înțelegere privind modul în care să gestionăm epidemia în
curs.
Glicoproteina spinului [spike] (S) a corononavirusului este despărțită în două subunități
(S1 și S2). Subunitatea S1 ajută la legarea [binding] de receptor, iar subunitatea S2 facilitează fuziunea membranei
(Bosch et al., 2003; Li, 2016). Glicoproteinele spinului coronovirușilor sunt factori
importanți care determină tropismul țesuturilor și varietatea gazdelor. În plus,
glicoproteinele spinului sunt țintele critice ale producerii unui vaccin (Du et
al., 2013). Din acest motiv, proteinele spinului reprezintă partea cea mai
amplu studiată a coronavirușilor. De aceea ne-am străduit să cercetăm glicoproteina
spinului virusului 2019-nCoV, pentru a-i înțelege evoluția, secvențierea noilor
trăsături și trăsăturile structurale, folosind instrumente computaționale.
Metodologia
Accesarea [retrieval] și alinierea secvențelor de
acizi nucleici și proteine
Am accesat [retrieved] toate secvențele de coronavirus disponibile (n=55) din baza
de date cu genomuri virale NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) și am
folosit sistemul GISAID (Elbe & Buckland-Merrett, 2017) [https://www.gisaid.org/] pentru
a accesa toate secvențele de lungime completă (n=28) ale virusului 2019-nCoV disponibile
la 27 ianuarie 2020. S-a realizat alinierea secvențelor multiple ale tuturor genomurilor de coronaviruși,
folosind software-ul MUSCLE (Edgar, 2004) bazat pe metoda joncțiunii între
vecini [neighbour joining]. Din 55 genomuri de coronaviruși, s-au folosit 32 de genomuri reprezentative
ale tuturor categoriilor pentru dezvoltarea arborelui filogenetic folosind software-ul
MEGAX (Kumar et al., 2018). Cel mai apropiat virus înrudit s-a găsit a fi SARS
CoV. Regiunea glicoproteinei lui SARS CoV și a lui 2019-nCoV au fost aliniate
și vizualizate folosind software-ul Multalin (Corpet, 1988). Secvențele de amino-acid
și nucleotide identificate au fost aliniate cu întreaga bază de date cu
genomuri virale folosind BLASTp și BLASTn. S-a prezentat conservarea motivelor
de nucleotide și amino-acizi în 28 variante clinice ale genomului 2019-nCoV
prin realizarea alinierii de secvențe multiple folosind software-ul MEGAX. Structura
tri-dimensională a glicoproteinei de 2019-nCoV a fost generată folosind serverul
online SWISS-MODEL (Biasini et al., 2014), iar structura a fost marcată și vizualizată
folosind PyMol (DeLano, 2002).
Rezultate
O asemănare nefirească /
stranie [uncanny] a unor
noi inserturi în proteina spinului virusului 2019-nCoV cu virușii HIV-1 gp120 și
Gag
Arborele filogenetic al coronavirușilor
de lungime completă [full-length] pe care
i-am studiat sugerează că 2019-nCoV este strâns înrudit cu SARS CoV [Fig.1]. În
plus și alte studii recente fac legătura între 2019-nCoV și SARS CoV. De aceea am
comparat secvențele glicoproteinei spinului lui 2019-nCoV cu cea a virusului
SARS CoV (Număr accesare NCBI: AY390556.1). La examinarea atentă a alinierii
secvențelor am constatat că glicoproteina spinului 2019-nCoV conține 4 inserții
[Fig.2]. În scopul de a investiga mai departe dacă aceste inserții sunt prezente
și la alți coronaviruși, am realizat o aliniere de secvențe multiple ale secvențelor
aminoacizilor glicoproteinei spinului tuturor coronavirușilor disponibili (n=55)
[referință la Tabelul S.File1] din NCBI refseq (ncbi.nlm.nih.gov); aceasta
include o secvență de 2019-nCoV [Fig.S1]. Am constatat că aceste 4 inserții
[inserțiile 1, 2, 3 și 4] sunt unice lui 2019-nCoV și nu sunt prezente la alți
coronaviruși analizați. Alt grup din China a documentat trei inserții comparând
mai puține secvențe de glicoproteine de spin de coronaviruși (Zhou et al.,
2020).
Figura
2: Alinierea secvențelor multiple între proteinele spinului virușilor 2019-nCoV
și SARS. Secvențele proteinelor
spinilor 2019-nCoV (Wuhan-HU-1, accesare NC_045512) și SARS CoV (GZ02, accesare
AY390556) au fost aliniate folosind software-ul MultiAlin. Siturile diferențelor
sunt evidențiate în căsuțe.
Am analizat apoi toate
secvențele de lungime completă (n=28) ale lui 2019-nCoV în GISAID (Elbe &
Buckland-Merrett, 2017) disponibile la 27 ianuarie 2020 pentru prezența acestor
inserții. Întrucât majoritatea acestor secvențe nu sunt adnotate, am comparat
secvențele de nucleotide ale glicoproteinei spike a tuturor secvențelor de
2019-nCoV disponibile, folosind BLASTp. În mod interesant, toate cele 4 inserții
s-au conservat în absolut (100%) toate secvențele 2019-nCoV disponibile analizate
[Fig.S2, Fig.S3].
Apoi am tradus genomul aliniat
și am constatat că aceste inserții sunt prezente în toți virușii Wuhan
2019-nCoV cu excepția virusului 2019-nCoV cu liliacul ca gazdă [Fig.S4]. Intrigați
de cele 4 inserții extrem de bine conservate unice virusului 2019-nCoV, am
dorit să înțelegem care este originea lor. În acest scop am folosit alinierea locală
2019-nCoV cu fiecare inserție drept interogare [query] în raport cu toate genomurile de
viruși, considerând drept potriviri [hits] secvențele cu acoperire 100%.
Surprinzător, fiecare dintre
cele patru inserții s-au aliniat cu segmente scurte de proteine ale Virusului Imunodeficienței
Umane-1 (HIV-1). Pozițiile aminoacizilor inserțiilor din 2019-nCoV și ale
reziduurilor corespondente din HIV-1 gp120 și HIV-1 Gag sunt arătate în Tabelul
1. Primele 3 inserții (inserțiile 1, 2 și 3 aliniate la scurte segmente de reziduuri
de aminoacizi în HIV-1 gp120, inserția 4 aliniată la HIV-1 Gag. Inserția 1 (6
reziduuri de aminoacizi) și inserția 2 (6 reziduuri de aminoacizi) din glicoproteina
spike a lui 2019-nCoV sunt 100% identice cu reziduurile cartografiate / mapate [mapped to] pe HIV-1
gp120. Inserția 3 (12 reziduuri de aminoacizi) din 2019-nCoV e cartografiată / mapată [maps to] pe
HIV-1 gp120 cu lacune [vezi Tabelul 1]. Inserția 4 (8 reziduuri de aminoacizi) e
cartografiată / mapată [maps to] pe HIV-1 Gag cu lacune [gaps].
Deși cele 4 inserții reprezintă
segmente scurte ne-contigue de aminoacizi din glicoproteina spike a lui
2019-nCoV, faptul că toate trei au în comun aminoacizi identici sau asemănători
cu HIV-1 gp120 și HIV-1 Gag (dintre toate proteinele de viruși adnotați) sugerează că aceasta nu este o constatare
întâmplătoare. Cu alte cuvinte, ne putem aștepta la o corespondență [match]
sporadică pentru un segment [stretch] de 6-12 reziduuri contigue de aminoacizi într-o
proteină neînrudită. Totuși, este
improbabil ca toate cele 4 inserții din glicoproteina spike a lui 2019-nCoV să
se potrivească din întâmplare cu 2 proteine structurale-cheie ale unui virus neînrudit
(HIV-1). [s.n.]
Reziduurile de aminoacizi ale inserțiilor
1, 2 și 3 ale glicoproteinei spike a lui 2019-nCoV care s-au mapat / suprapus
cartografic [mapped to] cu HIV-1 făceau parte din domeniile V4, V5 și respectiv V1 din
gp120 [Tabelul 1]. Întrucât inserțiile 2019-nCoV s-au mapat / suprapus cartografic [mapped to] pe regiuni
variabile din HIV-1, ele nu au fost ubicue în HIV-1 gp120, dar au fost limitate
la secvențele selectate de HIV-1 [referire la S.File1] în primul rând din Asia și
Africa.
Proteina HIV-1 Gag permite
interacțiunea virusului cu suprafața încărcată negativ a gazdei (Murakami,
2008), iar o încărcare pozitivă înaltă pe proteina Gag este o trăsătură-cheie a
interacțiunii dintre gazdă și virus. Analizând valorile pI pentru fiecare
dintre aceste 4 inserții pe 2019-nCoV și segmentele corespunzătoare de reziduuri
de aminoacizi din proteine de HIV-1, am constatat că: a) valorile pI erau
foarte asemănătoare pentru fiecare pereche analizată; b) majoritatea acestor valori
pI erau 10±2 [Referire la Tabelul 1] . Desigur, în ciuda lacunelor din inserțiile
3 și 4, valorile pI au fost comparabile. Această uniformitate a valorilor pI pentru
toate cele 4 inserții merită a fi cercetate în continuare.
Deoarece nici una dintre aceste 4 inserții nu sunt prezente în nici un alt
coronavirus, regiunea genomică care codează aceste inserții reprezintă candidații
ideali pentru a proiecta primari [primers] care
să-l poată distinge pe 2019-nCoV de alți coronaviruși.
Tabelul 1: Secvențele
aliniate ale lui 2019-nCoV și proteina gp120 a lui HIV-1 cu pozițiile lor în secvența
primară a proteinei. Toate aceste inserții au o mare densitate de reziduuri
încărcate pozitiv. Fragmentele șterse din inserțiile 3 și 4 măresc raportul
dintre încărcătura [charge] pozitivă și aria suprafeței.
*a se vedea Tabelul suplimentar 1 pentru cifrele de accesare.
Noile inserții fac parte din situl de legare [binding]
la receptor al virusului 2019-nCoV
Pentru a obține informații structurale și a
înțelege rolul acestor inserții în glicoproteina lui 2019-nCoV, i-am modelat structura
pe baza structurii disponibile a glicoproteinei spike a virusului SARS (PDB:
6ACD.1.A). Compararea structurii modelate dezvăluie că, deși inserțiile 1, 2 și
3 se află în locații non-contigue din secvența primară a proteinei, ele se
pliază [fold] pentru a constitui partea din situl de legare al glicoproteinei care recunoaște
receptorul gazdei (Kirchdoerfer et al., 2016) (Figura 4). Inserția 1 corespunde
cu NTD (N-terminal domain), iar inserțiile
2 și 3 corespund cu CTD (C-terminal
domain) al subunității S1 din glicoproteina spike a 2019-nCoV. Inserția 4 este
la joncțiunea SD1 (sub-domeniul 1) cu SD2 (sub-domeniul 2) al subunității S1
(Ou et al., 2017). Putem specula că aceste inserții conferă o flexibilitate
suplimentară sitului de legare a glicoproteinei, formând o buclă hidrofilică
în structura proteinei care poate
facilita sau augmenta interacțiunile dintre virus și gazdă. [s.n.]
Figura 3. Glicoproteina spike modelată
homo-trimer a virusului 2019-nCoV. Inserțiile din proteina
anvelopei virusului HIV sunt reprezentate prin biluțe colorate, prezente la
situl de legare [binding] al
proteinei.
Analiza evolutivă a virusului 2019-nCoV
S-a speculat că virusul 2019-nCoV ar fi o
variantă de Coronavirus derivată dintr-o sursă animală care s-a transmis la om.
Considerând schimbarea specificității gazdei, am decis să studiem secvențele de
glicoproteină spike (proteină S) a virusului. Proteinele S sunt proteine de
suprafață care ajută virusul la recunoașterea gazdei și atașarea de ea. Astfel,
o schimbare a acestor proteine se poate reflecta într-o schimbare a specificității
gazdei virusului. Pentru a afla care sunt alterările genei
proteinei S
a virusului 2019-nCoV și consecințele lor asupra re-aranjărilor structurale, am
făcut analiza in-sillico a virusului 2019-nCoV în raport cu toți
ceilalți viruși. Alinierea secvențelor multiple între secvențele aminoacizilor proteinei
S a virușilor 2019-nCoV, Bat-SARS-Like, SARS-GZ02 și MERS, a dezvăluit că
proteina S a evoluat cu diversitatea semnificativă cea mai apropiată din
virusul SARS-GZ02 (Figura 1).
Inserții în regiunea
proteinei
spike a virusului 2019-nCoV
Deoarece proteina S a lui 2019-nCoV are cel mai
apropiat strămoș comun cu SARS GZ02, codarea secvențelor pentru proteinele spike
ale acestor doi viruși a fost comparată folosind software-ul MultiAlin. Am
constatat patru inserții noi în proteina lui 2019-nCoV – „GTNGTKR” (IS1), „HKNNKS”
(IS2), „GDSSSG” (IS3) și „QTNSPRRA” (IS4) (Figura 2). Spre surprinderea noastră,
aceste inserții în secvențe nu numai că erau absente în proteina S a virusului
SARS, dar nici n-au fost observate în nici un alt membru al familiei Coronaviridae
(Figura suplimentară). Acest lucru este uimitor [startling] deoarece este foarte
improbabil [quite unlikely] ca un virus să dobândească inserții atât de unice pe cale naturală într-o
perioadă scurtă de timp [s.n.]
Inserțiile au în comun asemănări cu HIV
Inserțiile s-au observat a fi prezente în toate
secvențele genomice ale virusului 2019-nCoV disponibile din izolările clinice [clinical isolates] recente
(Figura suplimentară 1). Pentru a afla sursa acestor inserții în 2019-nCoV, s-a
realizat o aliniere locală cu BLASTp, folosind aceste inserții drept interogare
a întregului genom viral. În mod
neașteptat, toate inserțiile s-au aliniat cu Virusul Imunodeficienței Umane-1
(HIV-1) [s.n.]. Analizarea în continuare a dezvăluit că secvențele HIV-1 aliniate
cu 2019-nCoV au fost derivate din glicoproteina de suprafață gp120 (poziții secvențe
aminoacizi: 404-409, 462-467, 136-150) și din proteina Gag (amino-acid 366-384)
(Tabel 1). Proteina Gag a virusului HIV este implicată în legarea [binding]
de membrana
gazdei, împachetarea virusului și formarea de particule asemănătoare cu
virușii. Gp120 joacă un rol crucial în recunoașterea celulei gazdă prin legarea
de receptorul primar CD4. Această legare induce re-aranjări structurale în
GP120, creând un sit de legare cu înaltă afinitate pentru un co-receptor chemokinic
precum CXCR4 și/sau CCR5.
Discuție
Actuala epidemie de 2019-nCoV justifică o
temeinică cercetare și înțelegere a capacității lui de a infecta oamenii. Având
în vedere că a avut loc o schimbare clară a preferinței pentru gazdă a acestui
virus în raport cu coronavirușii precedenți, am studiat schimbarea din proteina
spike produsă la 2019-nCoV față de alți viruși. Am găsit patru noi inserții în proteina
S a lui 2019-nCoV când l-am comparat cu ruda lui cea mai apropiată, SARS CoV. Secvența
genomică din cele 28 izolări clinice recente a arătat că, pentru aceste
inserții, codarea secvențelor se conservă la toate acele izolate. Aceasta indică
faptul că aceste inserții au fost dobândite cu preferință [preferably] de 2019-nCoV, conferindu-i
un avantaj suplimentar de supraviețuire și infecțiozitate. [s.n.]
Mergând și mai în profunzime, am constatat că
aceste inserții erau similare cu HIV-1. Rezultatele noastre evidențiază o
relație uimitoare între proteina gp120 și Gag a virusului HIV cu glicoproteina spike
a virusului 2019-nCoV. Aceste proteine sunt critice pentru ca virușii să
identifice și să se prindă de celulele gazdei și pentru agregarea virală (Beniac
et al., 2006). Deoarece proteinele de suprafață sunt responsabile de tropismul
gazdei, schimbările din aceste proteine implică o schimbare a specificității gazdei
virusului. Potrivit relatărilor din China, s-a produs o creștere a specificității
gazdei în cazul lui 2019-nCoV, întrucât se știe că la origine virusul infecta
animale și nu oameni, dar după mutații el a dobândit un tropism și pentru oameni. [s.n.]
Mergând mai departe, modelarea 3D a structurii proteinei
a scos la iveală faptul că aceste inserții sunt prezente în situl de legare [binding] al lui 2019-nCoV. Din
cauza prezenței de motive [motifs] gp120
în glicoproteina spike a lui 2019-nCoV la domeniul lui de legare, noi propunem ideea
că aceste inserții de motive i-au putut conferi o afinitate mărită față de
receptorii celulei gazdă [s.n.]. Mai mult, această schimbare structurală ar fi putut
de asemenea crește varietatea de celule-gazdă pe care le poate infecta 2019-nCoV.
Din câte știm, funcția acestor motive [motifs] încă nu este clară
în cazul HIV și e nevoie ca ea să fie explorată. Schimbul de material genetic între
viruși este binecunoscut și asemenea schimburi critice evidențiază riscul și necesitatea
de a se investiga relațiile între familii de viruși aparent neînrudite între
ele.
Concluzii
Analiza pe care am făcut-o glicoproteinei spike
a virusului 2019-nCoV a dezvăluit mai multe elemente interesante: În primul
rând, am identificat 4 inserții unice în glicoproteina spike a 2019-nCoV care
nu sunt prezente în nici un alt coronavirus găsit până acum. Spre surpriza
noastră, toate cele 4 inserții din 2019-nCoV s-au suprapus cartografic [mapped]
pe scurte segmente de aminoacizi din HIV-1 gp120 și Gag printre
toate proteinele virușilor adnotați din baza de date NCBI. Această asemănare nefirească [uncanny] a noilor inserții din proteina spike a lui
2019-nCoV cu HIV-1 gp120 și Gag este improbabil să fie întâmplătoare [s.n.]. Mai
mult, modelarea 3D sugerează că cel
puțin 3 dintre inserțiile unice care sunt non-contigue în secvența proteinei primare
a glicoproteinei spike a 2019-nCoV converg spre a constitui componente-cheie
ale sitului legării de receptor [s.n.]. De observat că toate cele 4 inserții au
valori pI în jurul numărului „10” care ar
putea facilita interacțiunile virus-gazdă [s.n.]. Luate laolaltă, constatările
noastre sugerează o evoluție neconvențională [s.n.] a lui 2019-nCoV care justifică investigarea
în continuare. Lucrarea noastră evidențiază noile aspecte evolutive ale lui 2019-nCoV
și are implicații asupra patogenezei și diagnosticării acestui virus.
Referințe
-
Beniac, D. R., Andonov, A., Grudeski, E., & Booth, T. F.
(2006). Architecture of the SARS coronavirus prefusion spike. Nature
Structural and Molecular Biology, 13(8), 751–752. https://doi.org/10.1038/nsmb1123
-
Biasini, M., Bienert, S., Waterhouse, A., Arnold, K., Studer,
G., Schmidt, T., Kiefer, F., Cassarino, T. G., Bertoni, M., Bordoli, L., &
Schwede, T. (2014). SWISS-MODEL: Modelling protein tertiary and quaternary structure
using evolutionary information. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gku340
-
Bosch, B. J., van der Zee, R., de Haan, C. A. M., &
Rottier, P. J. M. (2003). The Coronavirus Spike Protein Is a Class I Virus
Fusion Protein: Structural and Functional Characterization of the Fusion Core
Complex. Journal of Virology, 77(16), 8801–8811. https://doi.org/10.1128/jvi.77.16.8801-8811.2003
-
Chan, J. F.-W., Kok, K.-H., Zhu, Z., Chu, H., To, K. K.-W.,
Yuan, S., & Yuen, K.-Y. (2020). Genomic characterization of the 2019 novel
human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia
after visiting Wuhan. Emerging Microbes & Infections, 9(1),
221–236. https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1719902
-
Chan, J. F. W., Lau, S. K. P., To, K. K. W., Cheng, V. C. C.,
Woo, P. C. Y., & Yuen, K.-Y. (2015). Middle East Respiratory Syndrome
Coronavirus: Another Zoonotic Betacoronavirus Causing SARS-Like Disease. https://doi.org/10.1128/CMR.00102-14
-
Chan, J., To, K., Tse, H., Jin, D., microbiology, K. Y.-T.
in, & 2013, undefined. (n.d.). Interspecies transmission and emergence of
novel viruses: lessons from bats and birds. Elsevier.
-
Corpet, F. (1988). Multiple sequence alignment with
hierarchical clustering. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/16.22.10881
-
DeLano, W. L. (2002). The PyMOL Molecular Graphics System,
Version 1.1. Schr{ö}dinger LLC. https://doi.org/10.1038/hr.2014.17
-
Du, L., Zhao, G., Kou, Z., Ma, C., Sun, S., Poon, V. K. M.,
Lu, L., Wang, L., Debnath, A. K., Zheng, B.-J., Zhou, Y., & Jiang, S.
(2013). Identification of a Receptor-Binding Domain in the S Protein of the
Novel Human Coronavirus Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus as an
Essential Target for Vaccine Development. Journal of Virology, 87(17),
9939–9942. https://doi.org/10.1128/jvi.01048-13
-
Edgar, R. C. (2004). MUSCLE: Multiple sequence alignment with
high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gkh340
-
Elbe, S., & Buckland-Merrett, G. (2017). Data, disease and
diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global
Challenges. https://doi.org/10.1002/gch2.1018
-
Kirchdoerfer, R. N., Cottrell, C. A., Wang, N., Pallesen, J.,
Yassine, H. M., Turner, H. L., Corbett, K. S., Graham, B. S., McLellan, J. S.,
& Ward, A. B. (2016). Pre-fusion structure of a human coronavirus spike
protein. Nature. https://doi.org/10.1038/nature17200
-
Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K.
(2018). MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing
platforms. Molecular Biology and Evolution. https://doi.org/10.1093/molbev/msy096
-
Li, F. (2016). Structure, Function, and Evolution of
Coronavirus Spike Proteins. Annual Review of Virology, 3(1),
237–261. https://doi.org/10.1146/annurev-virology-110615-042301
-
Murakami, T. (2008). Roles of the interactions between Env
and Gag proteins in the HIV-1 replication cycle. Microbiology and Immunology,
52(5), 287–295. https://doi.org/10.1111/j.1348-0421.2008.00008.x
-
Ou, X., Guan, H., Qin, B., Mu, Z., Wojdyla, J. A., Wang, M.,
Dominguez, S. R., Qian, Z., & Cui, S. (2017). Crystal structure of the
receptor binding domain of the spike glycoprotein of human betacoronavirus
HKU1. Nature Communications. https://doi.org/10.1038/ncomms15216
-
Snijder, E. J., van der Meer, Y., Zevenhoven-Dobbe, J.,
Onderwater, J. J. M., van der Meulen, J., Koerten, H. K., & Mommaas, A. M.
(2006). Ultrastructure and origin of membrane vesicles associated with the
severe acute respiratory syndrome coronavirus replication complex. Journal
of Virology, 80(12), 5927–5940. https://doi.org/10.1128/JVI.02501-05
-
Zhou, P., Yang, X.-L., Wang, X.-G., Hu, B., Zhang, L., Zhang,
W., Si, H.-R., Zhu, Y., Li, B., Huang, C.-L., Chen, H.-D., Chen, J., Luo, Y.,
Guo, H., Jiang, R.-D., Liu, M.-Q., Chen, Y., Shen, X.-R., Wang, X., … Shi,
Z.-L. (2020). Discovery of a novel coronavirus associated with the recent
pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. BioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.01.22.914952
-
Zhu, N., Zhang, D., Wang, W., Li, X., Yang, B., Song, J.,
Zhao, X., Huang, B., Shi, W., Lu, R., Niu, P., Zhan, F., Ma, X., Wang, D., Xu,
W., Wu, G., Gao, G. F., & Tan, W. (2020). A Novel Coronavirus from Patients
with Pneumonia in China, 2019. New England Journal of Medicine,
NEJMoa2001017. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2001017
Fig. S1 Alinierea secvențelor
multiple de glicoproteine a familiei coronaviridae, reprezentând toate
patru inserțiile.
Fig. S2: Toate patru
inserțiile sunt prezente în cele 28 de genomuri aliniate ale virusului Wuhan
2019-nCoV obținute din GISAID. Lacuna din CoV de tipul SARS-de-liliac din ultimul
rând arată că inserțiile 1 și 4 sunt foarte unice virusului 2019-nCoV din Wuhan.
Fig. S3 Arborele filogenetic al
genomului celor 28 isolate clinice de 2019-nCoV, inclusiv unul având liliacul
drept gazdă.
Fig 4 suplimentară. Aliniere a
genomului familiei Coronaviridae. Secvențele evidențiate cu negru sunt inserții
reprezentate aici.
No comments:
Post a Comment